হামদ ও সালাতের পর ইহা ধ্রুব সত্য যে, সারা বিশ্বব্যাপী দ্বীনি শিক্ষা প্রতিষ্ঠানসমূহ ইসলামী কৃষ্টি-কালচার উন্নয়নে, মুসলিম সভ্যতা রক্ষায়, ঈমানী পরিবেশ বিনির্মাণে, ঐশী জ্ঞানের পতাকা উত্তোলনে, নির্ভেজাল তাওহীদ ও শাশ্বত রিসালাতের প্রচার- প্রসারে এবং মুসলিম উম্মাহকে র্শিক ও বিদ‘আতের ভ্রান্তি থেকে মুক্তিদানে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে আসছে। তাই আজকের এই ঝঞ্ঝা বিক্ষুব্ধ পৃথিবীতে দ্বীনী শিক্ষাকেন্দ্রই হচ্ছে মুসলিম উম্মাহর একমাত্র রক্ষাকবচ তথা দ্বীন ও ঈমান হেফাজত করার সুদৃঢ় কেল্লা।
সেদিকটি বিবেচনা করেই এতদঞ্চলের সম্মানিত উলামা-মাশায়েখগণের প্রস্তাবক্রমে বিশিষ্ট শিল্পপতি ও মুবাল্লিগে দ্বীন মরহুম আলহাজ্ব হাবীবুর রহমান সাহেবের উদ্যোগে সম্পূর্ণ আল্লাহর উপর ভরসা করে ১৪০৬ হিজরী মোতাবেক ১৯৮৬ ইংরেজীতে অত্র জামিয়ার ভিত্তি স্থাপন করা হয়।
প্রতিষ্ঠালগ্ন থেকে অদ্যাবধি প্রতিষ্ঠানটি সুচারুরূপে পরিচালিত হয়ে আসছে এবং নব প্রজন্মের মাঝে দ্বীনি জ্ঞান প্রচারে ও সর্বস্তরের জনতার মাঝে সহীহ আকীদা প্রসারে উল্লেখযোগ্য ভূমিকা পালন করে আসছে। ফলে প্রতিষ্ঠানটি স্বল্প মেয়াদকালে আপন লক্ষ্যার্জনে যথেষ্ট সফলতা ও কৃতিত্ব লাভে সক্ষম হয়েছে। উল্লেখ্য ১৪২৭হি./ ২০০৬ ইং থেকে ১৪৩৬হি./২০১৫ ইং পর্যন্ত নোয়াখালী-লক্ষ্মীপুর এর আঞ্চলিক শিক্ষা বোর্ড জমইয়্যাত কর্তৃক অনুষ্ঠিত প্রত্যেক বৃত্তি পরীক্ষায় জম্ইয়্যাতভুক্ত সকল ক্বওমী মাদ্রাসার শীর্ষে কৃতিত্বের স্বাক্ষর রেখে সারা দেশে সুনাম কুড়াতে সক্ষম হয়। বর্তমানে অত্র প্রতিষ্ঠান থেকে শিক্ষা সমাপনকারী উলামায়ে কিরাম অত্যন্ত নিষ্ঠার সাথে সমাজের বিভিন্ন স্তরে দ্বীনি খিদমত সম্পাদনে রত আছেন। দাওয়াত ও তাবলীগের ক্ষেত্রেও প্রতিষ্ঠানটি যথেষ্ট অবদান রাখছে। দেশ-বিদেশেও প্রতিষ্ঠানটির রয়েছে অনেক সুনাম ও সুখ্যাতি। বহুমুখী খিদমত ও অনন্য বৈশিষ্ট্যের কারণে অত্র জামিয়াকে দেশের অন্যতম শীর্ষস্থানীয় একটি দ্বীনি শিক্ষা প্রতিষ্ঠান হিসেবে বিবেচনা করা হয়।